فایل شاخص BAM چیست؟

2024 نویسنده: Lynn Donovan | [email protected]. آخرین اصلاح شده: 2023-12-15 23:46

آ فایل BAM (. بام ) نسخه باینری یک SAM است فایل . یک SAM فایل (. sam) یک متن جدا شده با برگه است فایل که حاوی داده های تراز توالی است. نمایه سازی : IGV نیاز دارد که هم SAM و هم فایل های BAM بر اساس موقعیت و نمایه شده است ، و اینکه فایل های فهرست از یک قرارداد نامگذاری خاص پیروی کنید.

به همین ترتیب، مردم می پرسند، چگونه می توانم یک فایل BAM را باز کنم؟

از فایل منو انتخاب کنید باز کن و انتخاب کنید فایل های BAM از سمت چپ دکمه انتخاب در سمت راست که می گوید Add a فایل BAM . حرکت به بام تست فایل ها پوشه ای که دانلود کردید with_index_with_graph را انتخاب کنید. کلیک باز کن نقشه را انتخاب کنید.

دوم اینکه چطوری فایل BAM رو به Fastq تبدیل کنم؟ در زیر مراحل تبدیل فایل BAM به فرمت FASTQ آمده است. این روی لینوکس کار می کند و به SAMTOOLS و BEDTOOLS نیاز دارد

1. SAMTOOLS را دانلود کنید.
2. با استفاده از Command tar xzvf samtools-version.tar.bz2 استخراج کنید.
3. پوشه ای با نام samtools-version ایجاد می کند.
4. به دایرکتوری cd samtools-version بروید.

به همین ترتیب، چگونه می توانم یک فایل BAM را به یک فایل SAM تبدیل کنم؟

به تبدیل SAM به بام ، از دستور samtools view استفاده می کنیم. باید مشخص کنیم که ورودی ما in است فرمت SAM (به طور پیش فرض انتظار می رود بام ) با استفاده از گزینه -S. این را هم باید بگوییم که می خواهیم خروجی باشد بام (به طور پیش فرض تولید می کند بام ) با گزینه -b.

نمای Samtools چه می کند؟

سمتولز مجموعه ای از ابزارهای کمکی است که ترازها را در قالب BAM دستکاری می کند. از فرمت SAM (تراز توالی/نقشه) وارد و صادر می کند، میکند مرتب‌سازی، ادغام و نمایه‌سازی، و امکان بازیابی سریع مطالب در هر منطقه را فراهم می‌کند. سمتولز برای کار بر روی یک جریان طراحی شده است.